Durante la época de crisis productiva y social, la SAC debe librar batallas complejas, primero en el frente del comercio internacional con la apertura comercial que desembocará en la era de los TLCs. En segundo lugar, enfrentar el impacto del desmonte de mucha de la institucionalidad pública rural que en su momento fue reconocida y respetada en el ámbito continental, y de la reducción de los presupuestos públicos para el agro.

Roberto Juguito se convierte en presidente de la SAC y logra consolidar el Gremio de Gremios, muy representativo de la agricultura colombiana, para no estar simplemente representada por unos pocos grandes agricultores como era antes de los años ochenta.